El contenido de frijoles de soja puede modificar la estructura del sistema reproductivo, especialmente, cuando se consume durante períodos prolongados. En este estudio, se evaluaron los efectos del consumo de frijoles de soja transgénica en la morfología del pene de rata después de un uso prolongado. Las ratas Wistar (n = 30) se dividieron en tres grupos según la dieta: grupo de frijoles de soja transgénica (TS), grupo de frijoles de soja orgánica (OS) y grupo control (C). Después de 455 días de ingesta, se sacrificaron las ratas y se extirparon los penes y se fijaron en formalina para posterior procesamiento histológico. Las muestras se tiñeron con hematoxilina y eosina, tinción de resorcina-fucsina de Weigert y rojo de picrosirius con polarización. Las imágenes fueron escaneadas para análisis histomorfométrico de los cuerpos cavernosos, cuerpo esponjoso, tejido eréctil y túnica albugínea, así como para la medición del espesor de la túnica albugínea. También se midieron el diámetro y las áreas de las arterias penianas con las túnicas íntima y media. Se cuantificaron las fibras elásticas de la túnica albugínea, cuerpos cavernosos y cuerpos esponjosos utilizando métodos estereológicos. No se observaron diferencias significativas en los componentes colágenos y elásticos entre los grupos. Se concluyó que no se encontraron diferencias estadísti- camente significativas entre los grupos, lo que demuestra que el consumo prolongado de OS y TS no afecta a la estructura del pene.