Este estudio tuvo como objetivo caracterizar las estructuras del flujo respiratorio de dos especies de delfines de agua dulce: Inia geoffrensis y Sotalia fluviatilis. Los tractos respiratorios fueron estudiados con las técnicas de evaluación macroscópica y microscópica. En ambas especies se identificaron cuatro estructuras anatómicas macroscópicas: tráquea, bronquios principales, bronquio traqueal y los pulmones. La presencia de un bronquio traqueal exuberante sugiere un aumento en el intercambio de gases y el aumento de tiempo de inmersión de las especies. El análisis histológico reveló la presencia de los conductos alveolares, y del esfínter mioelástico en los cetáceos amazónicos. La porción respiratoria posterior de los delfines del Amazonas tiene similitud con otras ballenas dentadas y su conocimiento puede contribuir a la comprensión de la fisiología del buceo y a como estas especies están adaptadas a su hábitat.