La falla en la fusión de los procesos nasal y maxilar son causante de la fisura labiopalatina (FLP), que es uno de los defectos congénitos más comunes. La morfopatogenia de esta patología es multifactorial y aún poco clara. El objetivo de este estudio fue evaluar la presencia de nestina, el factor transcriptor SOX3 (Sox3) y la proteína homeobox DLX-4 (Dlx-4) en todo el tejido facial afectado por FLP bilateral unilateral (FU) y bilateral completa (FB). Se obtuvieron muestras de tejido de mucosa oral de 17 pacientes FUFLP y 13 FBFLP durante la corrección quirúrgica de la fisura y de 6 sujetos de control no afectados. Las secciones de tejido obtenidas se tiñeron con hematoxilina y eosina y mediante inmunohistoquímica para nestina, Sox3 y Dlx-4. La intensidad de la tinción fue graduada semicuantitativamente. Se detectaron estructuras positivas para nestina en todas las muestras de tejido de pacientes FUFLP y FBFLP, variando desde un número moderado a numerosas estructuras positivas para nestina. La inmunorreactividad de Sox3 fue más prominente en las células epiteliales en ambos grupos de pacientes con distribución frecuentemente irregular. Se observó un número principalmente moderado de células Dlx-4-positivas en la mayoría de las muestras de tejido. Se encontró una correlación positiva moderada estadísticamente significativa entre los factores de nestina y Sox3 en el grupo de pacientes FUFLP (coeficiente de correlación de rangos de Spearman = 0,517, P = 0,034). El aumento de estructuras positivas para nestina sugiere su papel en la regula- ción de la remodelación de tejido, tanto en tejido afectado por FUFLP como FBFLP. La dominancia de la positividad de Sox3 en el epitelio afectado de la fisura, indica su posible papel en la formación (compensatoria) del epitelio oral defectuoso de pacientes FUFLP y FBFLP. La expresión reducida de Dlx-4 implica su función reguladora limitada en el desarrollo craneofacial en tejido afectado por FUFLP y FBFLP.